El pipeline para procesamiento de Freesurfer en el cluster guarda sus resultados en una carpeta de recursos del experimento llamada FS: en un archivo .tar.gz se guardan todos los resultados comprimidos, y en varios archivos .stat, las estadísticas de ese procesamiento.

Para acceder a estos archivos se puede usar la herramienta get_fsresults de la xnatapic, de este modo:

• para descargar todos los resultados en el directorio actual

  xnatapic get_fsresults --project_id FStest2 --subject_id F001____ --experiment_id XE0094 --all-tgz

• para descargar todas las estadísticas en el directorio estadisticas dentro del actual

  xnatapic get_fsresults --project_id FStest2 --subject_id F001____ --experiment_id XNAT_E0094 --all-stats estadisticas

• para descargar sólo las estadísiticas aseg.stats y wmparc.stats en el directorio ~/freesurfer/estadisticas_F001

  xnatapic get_fsresults --project_id FStest2 --subject_id F001____ --experiment_id XNAT_E0094 --stats aseg.stats,wmparc.stats ~/freesurfer/estadisticas_F001

Notas para extender: Notas para obtener FS metrics del XNAT